Em 1642, João Ferreira de Almeida está já em Malaca, depois de passar algum tempo em Batávia, actual cidade de Jacarta, na Indonésia. Quando Almeida viajava de Batávia para Malaca alguém lhe ofereceu um pequeno livrete, escrito originalmente em castelhano, e que ele próprio viria a traduzir para português, anos mais tarde, sob o título Differença da Christandade. No final da leitura deste texto, João Ferreira de Almeida acabaria por abraçar a Fé Reformada (Protestante) vindo-se a tornar um membro da Igreja Reformada Holandesa, de língua portuguesa, a qual existia na região desde 1633 e que só viria a ser extinta em 1808. Ferreira de Almeida viveu em Malaca entre 1642 e 1651, colaborando com a comunidade protestante local através de visitas a doentes, apoio a marinheiros e viajantes que ali aportavam, ensinando as crianças a ler e a escrever, ao mesmo tempo que iniciava a primeira tradução da Bíblia Sagrada para a língua portuguesa. Este notável feito aconteceu quando Almeida tinha apenas 16 anos de idade. Abandonando Malaca em 1651, Almeida dirige-se novamente para Batávia. Foi-lhe, então, sugerido que adquirisse preparação teológica, razão pela qual Almeida passa a frequentar o Seminário da Igreja Reformada Holandesa naquela cidade. Termina os seus estudos em 1654, mas antes de ser enviado como missionário passa por um estágio de 2 anos, ainda em Batávia. Desta forma, João Ferreira de Almeida tornava-se o primeiro Pastor protestante português, mais de 100 anos depois da Reforma iniciada na Alemanha por Martinho Lutero, em 1517. Em Outubro de 1656, Ferreira de Almeida, a sua esposa, Lucrécia Valcoa de Lemos e o seu colega Baldaeus partem para o sul da Índia e Ceilão, onde missionam durante vários anos em diversas localidades da região.